在朱由检的数次直接过问之下，后军都督府与兵部之间又经过一番扯皮之后，双方达成了一些初步协议。首先，通州的军队编制还是保留着原来的营兵制，而不是像胡文霆先前负责的大名亲军卫那样，把它改成卫所编制。
（明初军卫法规定，一郡设所，连郡设卫。大抵以五千六百人为一卫，一千一百二十人为一千户所，一百十二人为一百户所，五十人为一总旗，十人为一小旗。一卫辖五个千户所，一个千户所辖十个百户所，一个百户所辖两个总旗，每个总旗设五个小旗。
全国军队均按此编制编入卫所，由小旗、总旗、百户、千户、卫指挥使逐级率领。卫所制度为明军的基本编制即成定制，无论是京、省驻军，还是皇帝、藩王的亲军、护军，均按卫所编制。
到了嘉靖年间，募兵的骑兵与步兵以及车兵开始拥有正式的编制——营哨制。一般是五人为一伍，二伍为什，三什为队，三队为哨，五哨为总，五总为营，每营的兵员为三千人。
有些军队中也会稍作变动，比如戚继光的蓟镇陆军编制，十二人为一队，三队为旗，三旗为局，四局为司，二司为部，三部为营，但人数也在三千人左右。营哨制是明朝中后期的主要军队编制形式。）
其次，由于朱由检在朝堂上已经明确表示，把通州的军队划入皇帝亲军序列，因此，后军都督府表示自己必须拥有通州军队的管辖权。
对此，负责同后军都督府进行协商的兵部侍郎王家彦，在稍微想了一下之后，就代表兵部爽快的答应了下来。
作为胡文霆的同盟者，王家彦心里很清楚，一旦通州的军队交由胡文霆负责之后，不仅由他自己全面承担了相关的养军费用，而且据他所知，胡文霆同朱由检之间的关系非同一般，因此，胡文霆对军队里面的一些人事安排，也是能够直接自行作主的。
换句话说，朝廷中的相关部门，几乎很难凭借手中掌握的资源，对胡文霆以及通州军进行拿捏，因此，也就不可能从中获得任何的好处。无论是想通过在拨付军饷或者物资的过程中吃些回扣，还是想借机往通州里面安排一些关系户，这些基本上都和他们无缘了。
因此，王家彦认为，只是一个名义上的管辖权而已，想来兵部的其他人员基本上也不会去争这么一个所谓的管辖权，于是，他在没有同其他人通气的情况下，就答应了后军都督府的要求。
而作为后军都督府来说，其手中的权利已经被兵部挤压得所剩无几了，因此，哪怕是一个名义上的管辖权也要努力争上一争。
再说了，说不定通过这个所谓的管辖权，还能同胡文霆搭上一些关系呢，毕竟胡文霆也是属于武将序列，和自己是属于同一阵营的。
最后，按照惯例，胡文霆还挂上了一个通州总兵的职衔，别人对他的雅称就可使用“大镇帅”或者“大将军”了。
当兵部以及后军都督府的相关工作人员把一切手续为妥，并把相关文书送到他府中之后，胡文霆就该去通州履行他的职责了。
让人感到有些哭笑不得的是，东林党那帮人在发现没能阻止胡文霆接管通州兵权之后，接着又打算在胡文霆上任的过程中使些绊子。
经过一番商议之后，他们居然提出由侯恂这个新上任的兵部侍郎，代表兵部同后军都督府的相关人员一起陪着胡文霆去通州，同时在通州军中宣布胡文霆的任职决定。
在这之前，王家彦已经向胡文霆进行过提醒，通州军可不比他自己一手组建的大名亲军卫，所有人员的来路以及关系都是比较简单的。
但这支军队里面，却有很大一批军官，是同朝廷中的方方面面都有着各种联系的。
简单的说，里面既有各方面势力安插过去的混资历的关系户，也有一些是为了充分掌握这支军队动向而安排过去的类似密探性质的人员。
王家彦提醒胡文霆在处理通州军队内部的事务时，一定要小心行事，遇到拿不准的事情时，可以及时同自己进行沟通。
胡文霆当时就不屑一顾的对王家彦说道：“少司马，哦，不，王叔，俗话说得好，吃人饭就得受人管，既然大家都已经同意了由我自掏腰包来供养这支军队，那么，里面所人员的去留也都得由我来决定。
各路大神在通州军内安插的人员，只要他们能听从我的命令，并且符合我制定的从军标准，我可以睁一只眼闭一只眼，让他们继续留在通州军内。
否则的话，就请他们另谋高就，我的钱可不会拿来养闲人，更不会养那些还打算给我添乱的人。”
对于胡文霆的行事作风已经有了一些了解的王家彦，在听了胡文霆的这一番话之后，只能苦笑着摇了摇头，并没有再对他进行劝阻。只是在心想到，这家伙到了通州之后，不知道又会捅出什么天大的篓子来。
其实，这种事情就算王家彦不对自己进行提醒，在后世也做到中高层官员的胡文霆，心里也是有数的，在后世许多福利较好的实权部门当中，又有哪一个少得了被安排进一批关系户呢。
但胡文霆却不会允许在通州军内存在这种现象，一来是他已经下定决心要逐步扭转大明军队中的那些歪风邪气，比如贪没军饷、谎报军功等等。
虽然他在一时半会之间，还无法直接把手伸到其他的军队当中，去干涉他们的行事，但对于自己直接管辖的军队，他还是有信心能把相应的措施推行下去的。
二来是他也有一个十分充分的理由，那就是通州军的军饷、军械提供都是由他自掏腰包来负责承担，凭着这点，胡文霆就能有充足的底气来对各路大神说不。
为了让自己新官上任之后三把火能顺利的烧起来，胡文霆在去往通州之前，也是做了一番准备的。
首先，他已经提前下令让原来范景文送给自己的那几名亲兵（目前都已经是副千户级别了），从回隆镇带了一千多全副武装的人员赶往通州，以备不时之需。
其次，他也向朱由检打过招呼，表示自己到时候肯定会对通州军进行一番整顿，其中有些做法可能会让人产生非议，让朱由检要有个心理准备。
而此时的朱由检已经把希望全部寄托在胡文霆身上，因此，在听了胡文霆的提醒之后，豪爽的对胡文霆说道：“老师既然我已经把通州军托付给您了，您就尽管放手去推行自己的一套管理模式好了，朝廷方面我会帮您做好善后工作的。”
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