丘橓所奏之事，立即传遍朝野。
真相是朝廷派出的御史吕毓昌在归德府上，查出河工贪腐之案，被府同知买通其下人所害，归德府知府命仵作伪造其自杀，以此为结论上报朝廷。
至于其他还有知情不报，有贪污河工银犯事官员。
其中有在河道衙门，布政司，按察司，御史任职官员，还有万历十年十一月后从河南调任至他处的官员。
一共一憨山大师有言，朕即位以来，虽是天下太平，但对官员惩罚不免太重，昔日张江陵之案，因言官弹劾不休，牵涉太多官员，官员们人心惶惶，以至朝纲动摇，故而天下才有这么多灾害。朕反思再三，打算恩抚天下。”
申时行道：“圣见高明，深切时弊。臣等不胜仰服。容臣等撰拟手敕，上请圣裁施行。”
天子道：“可。”
于是申时行退下后拟旨，天子御览后昭告天下。
谋害御史吕毓昌的三位奴仆，伪造假证的仵作等一律秋后问斩。
指使杀人的原归德府同知，勒令自尽。
包庇纵容的归德府知府籍没家财，刺配流放辽东，遇赦不赦。
右布政使董汝汉调广东右布政使。
河道总督李子华等其余官员尽数罚俸。
被杀御史吕毓昌追赠参政衔，以三品官之礼下葬，朝廷于其家乡表彰其忠节。
丘橓破案有功，增俸一秩，林延潮禀案情有功，赐银百两。
最后天子重申，不许言官再拿张居正案说事，御史李植，江东之，羊立可等尽罚俸一年。
但官员得得失失，并非如此简单，这一次申时行与言道的交锋，最后言道败北，申时行大获全胜。申时行保住了相位，赢得天子信任，并博得宽大之名。
而丘橓虽被天子嘉奖，但遭众官员弹劾下，清名尽毁，向天子请求辞官。
天子准予致仕。
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